在逃亡十日之後，布斯被發現躲在維吉尼亞州一處位於華盛頓南70英里（大約110公里）的農場裡。4月26日，在同聯邦軍交火後，布斯被波士頓·科貝特中士擊斃。
在刺殺發生時，軍醫查爾斯·李爾也在劇院內，立刻開展急救。他發現林肯當時幾乎已經沒有任何反應、呼吸幾乎停滯甚至無法察覺脈搏。在確定林肯是被射中頭部而非原先設想的刺中肩部之後，他試圖清理頭部血塊穩定傷情，之後林肯開始能夠相對自然地呼吸。他被送過街安置到彼得森住所。在昏迷九小時之後，林肯於4月15日早間7時22分離世。在場的長老會牧師菲尼亞斯·丹斯摩爾·格利為他禱告，戰爭部長斯坦頓向他默哀並致敬，並說道：「現在，他屬於千秋萬世。」
隨後林肯被國旗所包裹的遺體在雨中由聯邦軍官護送至白宮，全城教堂鐘聲響起。在林肯逝世不到三小時之後，早上10時，詹森宣誓就職。林肯的遺體於4月19日至4月21日先是置於東廳，然後陳列在大廳。之後他和早先病逝的兒子威利的棺材裝在喪葬列車的車廂內；接下來三周，以黑色旗幟裝飾的「林肯特別號」列車運載著林肯的遺體緩慢迂迴地由華盛頓駛向春田市，在北方許多城市停留，成千上萬人參加追悼，而許多人則在鐵軌邊奏樂、點篝火以及唱聖歌，或沉默而充滿敬畏地脫帽目送火車駛過。
此件刺殺案發生在北維吉尼亞軍團的領導者羅伯特·李發出對波多馬克軍團投降命令後的第五天，林肯是第一個被刺殺成功的美國總統。儘管在此次刺殺30年前（1835年）曾有對安德魯·傑克森不成功的刺殺。此次刺殺只是作為龐大的計劃的一小部分；事發當時，時任美國國務卿威廉·亨利·西華德和美國副總統安德魯·詹森同樣遭遇企圖刺殺的情況但均未成功（刺殺人分別為路易斯·鮑威爾（英語：Lewis Powell (conspirator)）和喬治·亞瑟特（英語：George Atzerodt）），通過對美國政治上地位最高的三個人的刺殺行動，布斯和他的南方同謀希望藉此切斷美國政府的聯繫性以挽回在南北戰爭中的敗局。